Фамилия Йотко звучит необычно для русского уха — и это первый ключ к её происхождению. В русской ономастике фамилии, начинающиеся с буквы «Й», почти всегда заимствованные или принесённые переселенцами. Йотко — это, скорее всего, украинская или южнославянская фамилия, образованная с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -ко. В украинском языке этот суффикс (как и в польском -ko) был одним из главных способов превратить личное имя или прозвище в фамилию: Ивашко, Федько, Петрусько. Йотко стоит в том же ряду.

Основа фамилии — Йот или Йоть. Это может быть краткая форма от крестильного имени, например, от Иоанн (в его южнославянском или западном варианте, где начальное «И» перешло в «Й»: Йован, Йоан). По другой версии, основа происходит от прозвища, связанного с диалектным словом. В некоторых говорах «йоть» или «йот» могло означать нечто маленькое, юркое, или быть звукоподражательным прозвищем человека с быстрой, «отрывистой» речью. Однако первая версия — связь с именем Иван через форму Йот — выглядит правдоподобнее, так как такие сокращения (Яцко от Яков, Йотко от Иван) встречаются в западноукраинских и белорусских землях.

Географически фамилия редкая. В современных российских базах она почти не встречается; основные носители живут или жили на западе Украины (Волынь, Галиция) и в Польше. В Польше фамилия Jotko (Йотко) известна с XIX века и тоже восходит к тому же корню — к личному имени, возможно, к венгерскому или словацкому Jót (вариант имени Йозеф или Иоанн). Таким образом, предок человека с фамилией Йотко, скорее всего, был крестьянином или мещанином из западных регионов Украины или южной Польши, которого в документах записали по имени-прозвищу Йот — «маленький Йоанн» или «Йося».

В русском языке фамилия не склоняется по падежам, если принадлежит мужчине (Иван Йотко, к Ивану Йотко), и остаётся неизменной у женщин (Анна Йотко). Это дополнительно указывает на её нерусское происхождение: суффикс -ко в украинских фамилиях обычно не меняет окончание.