Фамилия Юндикова — женская форма фамилии Юндиков, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, лёгшем в основу. Сама основа «Юндик» — редкая и неоднозначная, поэтому у фамилии есть несколько версий, и ни одна из них не является бесспорной.

Наиболее вероятная версия связывает Юндикова с тюркскими корнями. В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, слово «юн» или «йон» может означать «шерсть» или «руно». Суффикс «-дик» (или «-дык») в тюркских языках часто образует прилагательные или существительные, указывающие на принадлежность к чему-либо или наличие качества. Таким образом, «Юндик» могло быть прозвищем человека, связанного с обработкой шерсти: валяльщика, торговца шерстью, или того, кто носил одежду из грубой шерсти. В этом случае фамилия, вероятно, бытовала в среде татар, башкир или других тюркских народов Поволжья и Приуралья, где такие прозвища были распространены.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от личного имени Юнда, которое могло быть уменьшительной формой от канонического имени Иуда (через народное Юда). Суффикс «-ик» в русских фамилиях часто указывает на «сына» или «потомка» (как в фамилиях Иваник, Петрик). Тогда Юндиков — буквально «сын Юндика», а Юндик — это Юнда. Такое имя в старину не было редкостью среди крестьян, хотя и несло библейский оттенок.

В любом случае, фамилия Юндикова — это фамилия-прозвище, образованная по патронимической модели с суффиксом «-ов», что типично для русского ономастикона, даже если основа заимствована. Географически фамилия встречается в основном в европейской части России, в регионах с историческим присутствием тюркского населения — в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Самарской областях. Носительница фамилии Юндикова — потомок человека, которого в своё время называли Юндиком, и это прозвище, скорее всего, описывало либо его ремесло, либо внешность, связанную с шерстью или грубой тканью.