Фамилия Юнникова — женская форма мужской фамилии Юнников, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, которое легло в основу. Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?» — сын Юнника), а основа, скорее всего, восходит к прозвищу Юнник или к имени Юн.

Самая вероятная версия: прозвище Юнник связано с диалектным словом «юнник» — так в некоторых говорах называли молодого человека, юношу, парня (от «юный»). В этом случае фамилия образована от характеристики человека — молодого, неженатого, возможно, младшего в семье. Подобная модель встречается у фамилий Стариков, Молодцов, Мальцев — все они указывают на возраст или социальное положение.

Менее распространённая, но возможная гипотеза: основа от имени Юн — сокращённой формы от канонических имён Ювеналий или Юлиан (в народной традиции такие усечения были часты: Юн, Юня, Юнка). Тогда Юнник — это человек, носивший такое имя, а фамилия образована по принципу «сын Юнника». В пользу этой версии говорит то, что суффикс -ик в прозвищах и именах часто добавлялся для ласкательности или указания на принадлежность.

Географически фамилия Юнников (и Юнникова) встречается нечасто, но фиксируется в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях. Там диалектное слово «юнник» было в ходу, что подтверждает первую версию. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямых указаний на Юнниковых нет, но модель образования — стандартная для прозвищ, характеризующих возраст.

Таким образом, предки носительницы фамилии Юнникова, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а прозвище Юнник дали либо молодому парню, либо человеку по имени Юн. Фамилия недвусмысленно указывает на «молодость» как ключевую черту родоначальника.