Фамилия Юниченко относится к распространенному типу украинщ-белорусских фамилий и образована от личного прозвища. Так, фамилия Юниченко ведет свое начало от прозвища Юнич. Фамилия Юниченко образована от прозвища Юнич. Оно ведет свое начало от украинского прилагательного «юний» - «молодой». Согласно другой версии, фамилия Юниченко образована от мужского крестильного имени Юний (или Иоанн), которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». В основу же фамилии легла производная форма этого имени — Юнич. Не исключено, что фамилия восходит к женскому имени Юна, которое переводится с латинского как «единственная». Позже прозвище Юнич, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах.