Фамилия Юскеева — женская форма, а её мужской вариант — Юскеев. В основе лежит тюркское имя Юске, которое представляет собой фонетический вариант имени Искандер (Александр). В языках Поволжья, особенно у татар и башкир, начальное «и» часто переходило в «ю», а «ск» упрощалось до «ск» или «с к». Так имя Искандер через формы Иске, Юске дало прозвище или неканоническое имя Юске.

Модель образования типична для русского и тюрко-русского пограничья: суффикс -ев (а не -ов) указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или «й». В фамилиях тюркского происхождения суффикс -ев встречается чаще, чем -ов, потому что многие имена и прозвища заканчивались на мягкий звук. Таким образом, Юскеев — буквально «сын Юске», потомок человека по имени Юске.

Географически фамилия привязана к регионам, где исторически смешивались русское и тюркское население: Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, отчасти Ульяновская и Самарская области. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одной родовой группы или нескольких родственных семей в конкретном селе.

Интересная деталь: вторая часть фамилии могла писаться через «ё» — Юскёев, но в официальных документах закрепился вариант с «е». Переход от ислама к православию у носителей фамилии если и был, то, вероятно, в XVIII–XIX веках, когда многие тюркские имена адаптировали в качестве русских фамилий без перевода значения. Имя Юске как самостоятельное почти исчезло, но осталось в фамильной памяти.

С точки зрения словообразования, фамилия редка тем, что сохранила начальное «ю» вместо привычного «и» (сравните с фамилией Искеев, которая тоже существует, но встречается реже). Это указывает на диалектное произношение, которое закрепилось в документах именно в таком виде.