Фамилия Забобонина — женская форма фамилии Забобонин, и её разбор стоит начать с мужского варианта, потому что именно он хранит ключ к происхождению. Основа «забобон» — это не что иное, как диалектное слово, означающее «суеверие», «предрассудок», «пустая примета». В русских говорах (особенно северных и сибирских) «забобоны» — это вздор, нелепые выдумки или колдовские обряды, которым не доверяют. Соответственно, прозвище Забобон могли дать человеку суеверному, верящему в приметы, либо, наоборот, тому, кто высмеивал чужие страхи и называл их забобонами.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Забобонин — буквально «сын Забобона» или «человек из семьи Забобона». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я. Географически фамилия редкая и встречается в основном в центральных и северных областях России, где слово «забобоны» было в ходу. В документах XVII–XVIII веков можно найти прозвище Забобон у крестьян и посадских людей, но фамилия не получила широкого распространения из-за неблагозвучного смысла: называть человека «суеверным» было скорее насмешкой, чем почётным именем.

Есть и вторая, менее убедительная версия: от глагола «бобонить» (говорить невнятно, бормотать) с приставкой за-. Тогда Забобон — это «заика» или «бормотун». Однако эта гипотеза слабее, потому что «забобоны» как самостоятельное слово фиксируется в словарях именно в значении «суеверия», и прозвище с таким корнем встречается чаще. В любом случае, фамилия Забобонина — не от имени и не от ремесла, а от бытового, чуть ироничного прозвища, которое давали человеку за его отношение к необъяснимому.