Фамилия Забобонова — женская форма фамилии Забобонов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем, которое давали человеку с заметной чертой характера. Основа фамилии — слово «забобоны» (в старом произношении и написании — «забобонъ»). В русских говорах так называли пустые, вздорные разговоры, суеверные выдумки или пересуды. «Забобоны разводить» означало болтать попусту, заниматься ерундой или распускать нелепые слухи. Соответственно, Забобоном в народе могли прозвать говорливого, склонного к сплетням человека или же того, кто верил во всякие приметы и россказни.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к корню «забобон-» добавился типичный русский суффикс принадлежности «-ов», указывающий на «сына Забобона» или «человека из рода Забобоновых». Окончание «-а» в женском варианте — стандартная грамматическая форма, не меняющая смысла. Фамилия относится к числу так называемых «говорящих» прозвищных фамилий, которые были широко распространены в крестьянской и посадской среде: они не указывали на профессию или место жительства, а характеризовали человека со стороны его поведения или привычек.

Особенность этой фамилии — её относительная редкость. В отличие от множества фамилий на «-ов», образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Забобонова происходит от чисто бытового, диалектного слова, которое в современном языке почти вышло из употребления. Это делает фамилию ценной для историка языка: она сохранила в себе лексическую единицу, которую сегодня можно встретить разве что в словарях русских народных говоров или в классической литературе XIX века. Например, у писателей-бытописателей слово «забобоны» встречается в описании деревенских суеверий и пустых разговоров.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России — там, где диалектное слово было в ходу. Встречается она и в форме Забобонов, без окончания, что характерно для мужской линии. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами: прозвища такого типа редко давали дворянам, у которых фамилии чаще образовывались от географических названий или вотчинных имений. В дореволюционных метрических книгах Забобоновы встречаются в основном среди государственных крестьян и однодворцев.

Если искать однокоренные фамилии, то ближайшая параллель — Забобонов (мужской вариант), а также более редкие Забобонкин, Забобонский. Последняя могла возникнуть уже по другой модели — от названия населённого пункта, если таковой существовал, но это менее вероятно. Современные носители фамилии Забобонова живут преимущественно в России, небольшими группами — в Сибири и на Урале, куда в XIX–XX веках переселялись крестьяне из центральных губерний.