Фамилия Забобурн — редкая и нестандартная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не связано с русской ономастической традицией, а уходит корнями в западноевропейские языки, скорее всего, в немецкий или скандинавский ареал.

Если разбирать фамилию по частям, в ней легко угадывается немецкая или датская модель: основа «Забо» (возможно, от имени Захария, Забэль или личного прозвища) и вторая часть «бурн» (от нем. «Born» — родник, источник, или от «burn» в значении «ручей» в английских и шотландских топонимах). В немецком варианте фамилия могла первоначально выглядеть как «Sabboborn» или «Zaboborn» и означать «живущий у родника Забо» или «родник Забо». Такие фамилии по месту жительства (топонимические) были распространены у немецких колонистов.

Второй вариант, менее вероятный, но возможный — англо-шотландский. В Шотландии и северной Англии слово «burn» (ручей) часто входит в состав фамилий (например, Килбёрн, Блэкбёрн). Тогда «Забобурн» могло возникнуть как искажённое «Sabbath-burn» (субботний ручей) или от названия местности, которое при переезде в Россию в XIX веке записали на слух.

На территории бывшей Российской империи носители фамилии Забобурн встречаются исключительно редко. По данным современных телефонных справочников и баз адресов, единичные семьи с такой фамилией живут на Украине (в Харьковской и Днепропетровской областях) и в России (в Ростовской области). Это указывает на то, что фамилия могла попасть в эти регионы вместе с немецкими колонистами, которых приглашали осваивать южные земли при Екатерине II, или с переселенцами из Прибалтики.

С точки зрения словообразования, фамилия Забобурн не встраивается в русскую модель (суффиксы -ов, -ин, -ский отсутствуют). Она осталась в «сыром», неадаптированном виде, что подтверждает её иноязычное происхождение. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не указывает на профессию, отчество или внешность предка, а скорее всего, привязана к конкретному географическому объекту — ручью или роднику, который когда-то принадлежал человеку с именем Забо.