Фамилия Забоин — редкий случай, где основа почти наверняка не связана с глаголом «забоить» (такого слова в литературном языке нет). Скорее всего, перед нами вариант фамилии Забоев, образованной от прозвища Забой. В говорах «забой» — это не только часть шахты, но и бойкий, напористый человек, тот, кто «забивает» в споре или деле. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Забоин, то есть сын или потомок Забоя. Такая модель типична для фамилий, возникших из прозвищ на -ой (сравните: Долгой — Долгин, Глухой — Глухин).

Менее вероятная, но допустимая версия: связь с диалектным словом «забой» в значении «загон для скота» или «запруда». Тогда Забоин — человек, живший у такого сооружения или работавший с ним. Эта гипотеза слабее, потому что фамилии от названий построек чаще образуются через суффикс -ск- (Забойский), а не -ин.

Географически фамилия тяготеет к северным и вологодским землям — именно там фиксируются ранние упоминания прозвища Забой. В переписях XVII века встречаются крестьяне с таким именованием, что указывает на простонародное происхождение. Дворянских родов Забоиных не известно — фамилия осталась в крестьянской и мещанской среде.

Любопытная деталь: в старых документах фамилию могли писать через «а» — Забаин, что отражает акающее произношение. Но орфографическая норма закрепила форму с «о», сохранив связь с исходным прозвищем. Сегодня Забоиных немного, фамилия встречается в основном на Русском Севере и в Сибири, куда переселенцы уходили в XIX веке.