Фамилия Загайкина — женская форма фамилии Загайкин, которая образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы прозвища или имени с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Загайкин буквально означал «сын (или человек) Загайки». Такая модель типична для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ин встречаются почти так же часто, как на -ов.

Ключ к происхождению — в основе «Загайк-». Скорее всего, перед нами прозвище, связанное с диалектным словом «загайка». В русских говорах, особенно в Поволжье и на Урале, «загайка» — это затишье, укромное место, закуток, иногда — глухой лесной уголок. Человек мог получить прозвище Загайка за то, что жил в отдалённой, глухой местности, или, напротив, за скрытный, нелюдимый характер. Есть и другая, менее вероятная версия: от глагола «загайкать» (закричать, загомонить) — тогда прозвище дали бы крикливому или задиристому человеку.

Фамилия относительно редкая. Её география тяготеет к восточным областям: встречается в Пермском крае, Кировской области, Татарстане, реже — в центральной России. Это косвенно подтверждает связь с уральскими или волго-вятскими говорами, где слово «загайка» было в ходу. В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего числились государственными крестьянами, то есть людьми, которые не были крепостными и жили на казённых землях.

В написании фамилии обращает на себя внимание редкий суффикс -к- в основе. В отличие от массовых фамилий на -акин/-якин (от имён вроде Макар — Макакин), здесь -к- входит в состав прозвища, а не является частью суффикса. Это делает фамилию более древней по типу: она закрепилась не от имени, а от живого прозвищного слова, которое со временем вышло из обихода.