Фамилия Забайкина — женская форма фамилии Забайкин. Её основа — прозвище Забайка, которое, скорее всего, звучало с оттенком местного диалекта: «забайкать» в северных и сибирских говорах означало «заговорить, затараторить», «забросать словами», а также «забаюкать», «убаюкать». Человек, получивший такое прозвище, мог быть либо говорливым, суетливым в разговоре, либо, наоборот, тем, кто успокаивает, укачивает — например, нянька или пестун.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Забайкин, то есть сын или потомок Забайки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён на -а/-я, и распространена повсеместно, но особенно характерна для северных и центральных областей России.

Вторая, менее очевидная версия связывает прозвище с диалектным «забайка» — так в некоторых местах называли заику или человека с невнятной речью. Если это так, то прозвище носило описательный характер, как и многие «речевые» фамилии (Картавый, Шепелявый, Заика), но с местной огласовкой. Однако эта гипотеза уступает первой по распространённости говоров: глагол «забайкать» встречается шире, чем существительное «забайка» в значении «заика».

Фамилия не относится к числу дворянских или старых княжеских. Её носители — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по прозвищу предка при переписях XVIII—XIX веков. Встречается она в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что подтверждает северное происхождение основы.

Ударение в фамилии Забайкина падает на второй слог: Заба́йкина. В старых документах могли писать через «о» — Забойкин, но это уже результат акающего произношения, а не иной корень.