Фамилия Закабуня звучит необычно для русского уха, и это первый ключ к её разгадке. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а украинская или белорусская по происхождению. Её структура выдает южнорусские или западнорусские говоры: суффикс -ун(я) в восточнославянских фамилиях часто указывает на прозвище, образованное от глагола. В данном случае основа «кабун-» или «закабун-» может быть связана с диалектным глаголом «кабунити» — то есть гнуть, мять, пригибать к земле. Человек по прозвищу Закабуня мог быть сутулым, сгорбленным, либо же, в переносном смысле, покладистым и уступчивым.

Однако есть и более прозаичная версия. В некоторых говорах «кабуня» — это название небольшой копны сена или стожка. Тогда «Закабуня» — это человек, который живет «за кабуней», то есть за стогом, или же тот, кто занимается скирдованием сена. Такое прозвище могло закрепиться за крестьянином, работавшим на сенокосе, или за хозяином, чей двор находился у околицы за стогами.

Суффикс -я в окончании фамилии типичен для украинской модели образования прозвищ и фамилий (сравните: Мазепа, Голота, Забуруня). В русской традиции такая форма почти не встречается, что подтверждает южное или западное происхождение рода. Если предки носили фамилию Закабуня, то, вероятно, они происходили из черниговских, полтавских или гродненских земель, где подобные прозвища были в ходу среди крестьян и казаков.

Фамилия редкая, и в старых ревизских сказках и переписях она почти не фиксируется. Это говорит о том, что она могла возникнуть локально, в одном-двух селениях, и не получила широкого распространения. В современной России её носители встречаются единично, чаще всего у потомков переселенцев с Украины или из Беларуси. Однокоренных фамилий, вроде Кабунов или Кабуненко, немного, что делает Закабуня уникальным ономастическим реликтом.