Фамилия Закамолдина в своей основе содержит указание на географический объект или прозвище, связанное с местом жительства. Разбор начинается с приставки «За-», указывающей на нахождение позади или за чем-то, и корня «-камолд-», который, скорее всего, происходит от названия реки, горы или урочища Камолда (или Камолда). В русской ономастике такие фамилии нередко давали переселенцам: человек, живший за рекой Камолдой или за селением Камолда, получал прозвище Закамолда, а его потомки становились Закамолдиными. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Закамолдин, то есть сын или потомок Закамолды.

География фамилии подсказывает, что корень «Камолда» может быть связан с финно-угорскими или балтийскими топонимами, распространёнными на севере и северо-западе России. Например, в Карелии и Архангельской области встречаются названия рек и озёр с похожей основой (Камолда, Камолдозеро). Если это так, то предки носителей фамилии могли быть выходцами из тех мест, где русское население смешивалось с местными племенами, и прозвище закрепилось за человеком, поселившимся «за Камолдой». Альтернативная версия, менее вероятная, — связь с диалектным словом «камолда» (возможно, искажённое «комолый» — безрогий, или «камалда» — неуклюжий человек), но топонимическое объяснение выглядит убедительнее из-за чёткой приставки «за-».

В истории фамилии прослеживается её редкий суффиксальный тип: сочетание «За-» + топоним + «-ин» встречается нечасто, обычно такие фамилии (Задорожин, Заозерин) указывают на конкретное место. Закамолдина — женская форма, мужская — Закамолдин. В дореволюционных переписях эта фамилия могла встречаться в северных губерниях, но точных данных о сословной принадлежности нет: она могла принадлежать как крестьянам, так и мещанам, так как топонимические прозвища были универсальны. Сравнение с однокоренными фамилиями (Камолдин, Закамолкин) показывает, что основа «камолд» — редкая, что делает фамилию уникальной и локальной. Носителям фамилии стоит искать корни в местах, где есть топоним Камолда или похожие названия, особенно на Русском Севере.