Фамилия Закомолдина почти наверняка женская — это форма от мужской Закомолдин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, поэтому искать корни надо именно в мужском варианте.

Основа фамилии — прозвище Закомолда. Слово «комолый» в русских говорах означает безрогий, о ком рога обломаны или не выросли. «Закомолда» — человек с такой приметой: либо реально безрогий (если речь о скоте — метафора для человека), либо с обломанными, кривыми рогами, что в переносном смысле могло означать упрямца, строптивого или, наоборот, безобидного, смирного. В северных и сибирских говорах «комолый» также имело значение «глупый, бестолковый», но это, скорее, вторичное.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Закомолдин — сын или потомок Закомолды. Такая модель типична для северорусских и сибирских регионов, где прозвища на -а были особенно распространены. Фамилия редкая, встречается в основном в Зауралье и Сибири, что подтверждает её диалектное происхождение.

Интересная деталь: в отличие от фамилий, образованных от прозвищ с чёткой профессией (Кузнецов, Мельников), Закомолдина отсылает к внешней или поведенческой характеристике, которая могла закрепиться за родом. Не исключено, что прозвище возникло в крестьянской среде, где безрогость скота была заметным хозяйственным признаком.

Спорных версий практически нет: корень «комол» ясен, приставка «за-» может означать «с дефектом» или «с особенностью» (ср. заика, заморыш). Другие толкования, связывающие фамилию с тюркскими корнями, маловероятны из-за отсутствия ареала бытования и прозрачной славянской этимологии.