Фамилия Закомолкин — редкий пример того, как профессиональное прозвище, основанное на диалектном слове, закрепилось в форме с суффиксом -ин, а не с более частотным -ов. Это указывает на то, что исходное прозвище Закомолка оканчивалось на -а и относилось к мужчине, а сама фамилия образована по модели «чей? — Закомолкин», то есть «сын Закомолки».

Корень здесь — «комель», то есть толстый конец бревна или нижняя часть растения. В тверских говорах комельком называли короткий детский банный веничек. Приставка «за-» в прозвище Закомолка могла означать либо «тот, кто работает с комлем», либо «тот, кто находится за комлем», то есть позади или внизу. В любом случае, основа прозвища связана с обработкой дерева или с банным обиходом.

Есть и вторая линия: слово «комолый» означает «безрогий» или, шире, «искалеченный». Оно родственно древнему корню, который встречается в других языках (ср. hamal — «искалеченный»). Если прозвище Закомолка пошло от этого корня, то «за-» могло указывать на действие: «тот, кто делает комолым», то есть спиливает рога у скота. В крестьянском быту это была востребованная работа — обезопасить «бодливую» скотину.

Третья версия — самая спорная, но её приводят в некоторых толкованиях: будто Закомолка ходил «за искалеченными», то есть ухаживал за больными или старыми. Эта гипотеза слабо подтверждается словообразованием: приставка «за-» в русских прозвищах редко означает «ухаживать за кем-то». Правдоподобнее, что предок Закомолкиных был либо лесорубом, работавшим с комлевой частью дерева, либо человеком, связанным с изготовлением веников, либо тем, кто обезроживал скот.

Фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в бывших тверских и ярославских землях, где слово «комель» и его производные были в ходу. Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Закомолка не превратилось в распространённое имя — оно осталось узкопрофессиональным и локальным.