Фамилия Закомалдина — женская форма, а мужская — Закомалдин. Она образована по самой частотной русской модели: от основы прозвища или имени плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Закомалды). Таких фамилий, где суффикс -ин присоединён к основе на твёрдый согласный, в русском языке огромное количество, но основа Закомалд- встречается редко, и это сразу привлекает внимание.

Корень здесь — «комолый». В диалектах «комолый» значит «безрогий», обычно о скотине. Прозвище Комолый давали человеку с короткими волосами, с лысиной, либо, в переносном смысле, незлобивому, «безрогому» — то есть кроткому, безобидному. Приставка за- в русских прозвищах часто имеет усилительное или пренебрежительное значение: «закомолый» — это «слишком комолый», «совсем безрогий», а может, «забитый» или «неказистый». Так что Закомалда — это человек, которого за глаза дразнили за отсутствие бороды, за стрижку под горшок или за мягкий, уступчивый характер.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду с однокоренными Комолов, Комолкин, Комолых. Но Закомалдин выделяется приставкой, что делает её более локальной и, вероятно, более поздней по времени возникновения. Такие формы с за- типичны для северных и северо-восточных говоров (Архангельская, Вологодская, Вятская губернии), где любили усиливать признаки приставками. Если искать географические корни, то фамилия Закомалдин (и Закомалдина) встречается преимущественно в Пермском крае и Кировской области — это подтверждает гипотезу о вятском или уральском происхождении.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским словом «комалды» (собрался, сбился в кучу). В этом случае прозвище могло относиться к скученному, неопрятному человеку. Но для русской фамилии такое объяснение выглядит натянутым, к тому же приставка за- в тюркских заимствованиях нехарактерна. Поэтому версия с «комолым» остаётся основной.

Носители фамилии Закомалдина — это потомки крестьян или посадских людей, получивших фамилию по прозвищу предка. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий на -ин, образованных от прозвищ с яркой диалектной окраской.