Фамилия Закирходжаев — одна из тех, где имя отца превратилось в родовое прозвище, а затем в фамилию. Её основа — составное арабско-персидское имя Закирходжа. Первая часть, Закир, восходит к арабскому «закир» — поминающий, восхваляющий (часто в религиозном контексте, тот, кто поминает Аллаха). Вторая часть — Ходжа (персидское «хваджа») — почётный титул, означавший господина, наставника, купца или человека, имеющего духовный авторитет. В Средней Азии слово «ходжа» также указывало на потомков пророка Мухаммеда или первых халифов, но со временем стало широко использоваться как уважительное обращение. Сложившись в одно имя, Закирходжа буквально означало «восхваляющий господин» или «поминающий наставник» — имя с явным религиозным и социальным весом.

Словообразовательная модель фамилии типична для тюркских и ираноязычных народов Центральной Азии: к личному имени добавляется русский суффикс -ев, который адаптировал фамилию к документам Российской империи и советским паспортам. В оригинале, без русификации, фамилия звучала бы как Закирходжаев — с ударением на последний слог, но в русском языке ударение часто смещается на предпоследний: Закирходжа́ев.

Географически фамилия почти целиком привязана к Узбекистану, Таджикистану и южным регионам Казахстана. Встречается и среди узбеков, и среди таджиков — в обеих культурах имя Закирходжа было распространено в среде духовенства, учителей медресе и зажиточных ремесленников. Носители фамилии, как правило, происходят из семей, где предки носили титул ходжи — то есть либо были потомками пророка (сайидами), либо уважаемыми религиозными деятелями. Впрочем, к XIX–XX векам титул «ходжа» стал настолько массовым, что его носили и простые купцы, и землевладельцы, так что точное социальное положение предка определить сложно.

Интересная деталь: фамилия сохранила архаичную форму с полным именем в основе, а не с сокращённой формой (как, например, Закиров). Это указывает на то, что имя Закирходжа было не просто личным, а «двойным» — с уважительным титулом, который не отбрасывали при образовании фамилии. Такие фамилии встречаются реже, чем одноосновные, и подчёркивают, что предок занимал заметное положение в общине. В советских переписях фамилия фиксировалась без вариантов, хотя в устной речи могла произноситься как Закирходжа́й (с усечением) — это следствие местных диалектов.

Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Закиров, Ходжаев, Закирходжаев — все восходят к тому же корню, но различаются степенью полноты. Закирходжаев — самая «многослойная» из них, хранящая память о двух значимых элементах имени предка.