Фамилия Заклёпенко построена по одной из самых продуктивных украинских моделей — с суффиксом -енко, который означал «сын» или «потомок». В основе лежит прозвище Заклёпа. Вопрос в том, что именно означало это прозвище, и тут возможны два основных пути.

Первый и самый прямой — отглагольное прозвище, связанное с глаголом «заклепать». В ремёслах заклепать — значит соединить металлические детали с помощью заклёпок. Прозвище Заклёпа могли дать кузнецу, слесарю или мастеру, который занимался починкой котлов, вёдер, тележных деталей. Человек, чья работа была связана с постоянным «заклёпыванием», получал меткое профессиональное имя. Эта версия кажется наиболее правдоподобной: фамилии на -енко в массе своей происходят от прозвищ по занятию или характерной черте.

Вторая версия — отвлечённое прозвище по характеру. В диалектах слово «заклёпа» могло означать упрямого, настойчивого человека, которого «не пробьёшь», как заклёпанную деталь. В этом случае фамилия отражает не ремесло, а внутреннее качество предка. Однако такая трактовка встречается реже и хуже документирована в ономастических словарях.

Фамилия Заклёпенко — типично украинская по форме, но могла возникнуть и на южнорусских территориях, где была распространена эта модель. Встречаются однокоренные фамилии: Заклёпа, Заклёпин, Заклёпов. Ударение в исходном прозвище, скорее всего, падало на первый слог — Заклёпа, что и закрепилось в фамилии: Заклёпенко.