Фамилия Заключнов — редкий случай, когда за основу взято не имя, не профессия и не черта характера, а пространственная характеристика. Её ядро — слово «заключный» или «заключнóй», то есть находящийся «за ключом». В диалектах и старой топографии «ключ» — не только родник или источник, но и ключевая земля: участок, дающий начало ручью, или место, где бьёт вода. Соответственно, Заключнов — тот, кто живёт за таким ключом, по ту сторону от водного источника. Фамилия образована по типичной модели прилагательное + суффикс -ов, то есть буквально «сын заключного человека».

Словообразовательная конструкция здесь нестандартна. Суффикс -ов присоединён не к существительному (как в большинстве русских фамилий), а к основе прилагательного «заключный». Такой путь встречается реже и выдаёт относительно позднее оформление фамилии — скорее всего, в XVII–XVIII веках, когда крестьян и однодворцев начали массово записывать по месту жительства или прозвищу. Сравните: Заречнов (за рекой), Заболотнов (за болотом), Зарубин (заруб — граница). Заключнов стоит в том же ряду, но с более редкой основой.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, особенно к бывшим однодворческим территориям (Тамбовская, Воронежская, Рязанская губернии), где были распространены фамилии на -ов от топографических прозвищ. Встречается она и сейчас, но крайне редко — по открытым данным, носителей не более нескольких сотен человек по всей России. Это объяснимо: прозвище «Заключной» могло закрепиться только в конкретной деревне у конкретного ключа, а не стать массовым.

Есть и другая, менее вероятная версия: от слова «заключить» — то есть запереть, взять под стражу. В таком случае Заключнов мог быть потомком тюремщика или человека, сидевшего в заключении. Но эта гипотеза слабее: прозвища от глаголов в форме причастия обычно давали по действию (например, Заключённый), а не по местоположению. К тому же суффикс -ов в сочетании с прилагательным «заключный» (от «ключ») грамматически естественнее, чем от причастия «заключённый». Поэтому первая версия — о роднике и земле за ним — остаётся основной.