Фамилия Заключнев звучит непривычно, но её значение лежит на поверхности — она указывает на занятие предка. В основе лежит слово «заключник»: так в старину называли мастера, который делал замки. В разных говорах слово могло означать и тюремного сторожа, но первая версия правдоподобнее: фамилии от названий ремёсел (Кузнецов, Плотников, Столяров) — один из самых массовых пластов русских фамилий, и Заключнев встаёт в этот же ряд.

Фамилия образована по стандартной модели: от существительного на -ник (заключник) отсекли суффикс -ик и добавили патронимический суффикс -ев. Формально Заключнев — притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?»: сын заключника. Суффикс -ев, а не -ов, появился потому, что основа заканчивалась на мягкий или шипящий звук (ч).

Встречается фамилия редко и в основном в центральных и северных областях России, где было развито кузнечное и слесарное дело. Поскольку фамилия профессиональная, крепостное право на её происхождение не влияло: заключник мог быть и вольным ремесленником, и дворовым человеком при барской усадьбе. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это стопроцентно крестьянская или мещанская фамилия.

Любопытно, что слово «заключник» в значении «мастер по замкам» почти вышло из употребления, вытесненное «слесарем» (от немецкого Schlosser). Поэтому фамилия Заключнев сегодня воспринимается как редкая и тёмная, хотя на самом деле она прозрачна — просто архаична. Её однокоренные «родственники» — Заключнов, Ключарёв, Замочников, все они рассказывают об одном: предок имел дело с запирающими механизмами.

Если искать альтернативную версию, можно вспомнить, что в некоторых говорах «заключником» называли человека, который заключал сделки, то есть посредника или маклера. Но эта гипотеза слабее: ремесленные прозвища всегда перевешивают абстрактные, и подтверждений у неё в ономастической литературе нет.