Фамилия Заковоротняя звучит необычно для русского уха из-за окончания -яя, но образована она по совершенно стандартной модели. Это типичная «фамилия-прилагательное», которая отвечает на вопрос «чей?» и в женском роде имеет окончание -ая/-яя. В мужском варианте, который в русском языке почти не встречается, она звучала бы как Заковоротний. Такие фамилии характерны для юга России, Украины и Беларуси, где притяжательные формы на -ий/-ая закрепились как фамильные, в отличие от северных и центральных областей, где преобладают -ов/-ев.

Основа фамилии — прозвище Заковорот или Заковоротный. В его основе лежит слово «заворот» или «коворот» (диалектная форма слова «ворот», «ворота»). Наиболее вероятное значение — человек, который живет «за воротами», то есть за околицей, на отшибе, или же тот, кто находится позади ворот, привратник. Есть и другая версия, связанная с ремеслом: «заковоротнем» могли называть кузнеца, который делает кованые ворота, или плотника, собирающего воротные конструкции. В украинском языке слово «заковорот» также могло означать заднюю часть ворота рубахи, что даёт прозвище неряшливому человеку или, наоборот, портному.

Словообразовательная модель проста: от прозвища Заковорот через суффикс -н- образовалось прилагательное «заковоротный», которое затем субстантивировалось, то есть стало использоваться как фамилия. Окончание -яя в женском роде — это вариант -ая после мягкого или шипящего согласного. В украинском языке фамилия могла звучать как Заковоротня, и это ближе к исходному произношению.

С географической точки зрения фамилия Заковоротняя имеет чёткую привязку к южным регионам: её носители встречаются в Ростовской, Волгоградской областях, в Краснодарском крае, а также на востоке Украины — в Харьковской, Донецкой и Луганской областях. Это неудивительно: именно там в XVIII–XIX веках активно формировались фамилии на -ий/-ая среди казачества и крестьян, которые не получили «дворянских» суффиксов -ов/-ев.

В ономастических трудах фамилия не относится к числу подробно описанных, но её структура полностью прозрачна. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» есть указание на то, что фамилии на -ий/-ая (типа Заковоротний) характерны для южнорусского ареала и часто возникали из прозвищ, описывающих местоположение или занятие. Споров вокруг этимологии нет: версия с «за воротами» — основная, и она же самая правдоподобная, так как топографические прозвища — один из самых массовых источников фамилий.