Фамилия Залкиндер — один из тех редких случаев, когда географический корень почти полностью объясняет её происхождение, и гадать на кофейной гуще не приходится. Это типичная еврейская фамилия ашкеназского происхождения, образованная по топонимическому принципу: в её основе лежит название города Залкинд (Zalkind) или Залкинд (Salkind) — местечка, которое находилось на территории современной Латвии, в исторической области Курляндия.

Модель образования здесь прозрачна: к основе «Залкинд» добавлен суффикс «-ер», который в идише и немецком языке указывает на принадлежность к месту («тот, кто из…»). Таким образом, Залкиндер — это «человек из Залкинда». Такая модель (Ковнер — из Ковно, Лифшиц — из Лифляндии) была очень распространена среди евреев Восточной Европы в XVIII-XIX веках, когда фамилии стали обязательными и часто закреплялись по месту рождения или проживания.

Суффикс «-ер» — ключевая деталь, которая сразу отличает эту фамилию от славянских моделей. Если бы фамилия была русской, она, скорее всего, имела бы окончание «-ов» или «-ин» (например, Залкиндов). Но немецкоязычный формант «-ер» указывает на ашкеназскую среду, где административным языком нередко был немецкий. Это же объясняет, почему фамилия почти не встречается в исконно русских регионах: её география — западные губернии Российской империи, прежде всего Витебская, Минская, Ковенская, а также Польша и Прибалтика.

Встречается и вариант написания «Залкинд» — без суффикса «-ер». В этом случае фамилия совпадает с названием города и могла быть присвоена как прямая топонимическая фамилия. Но форма «Залкиндер» более характерна для тех, кто переехал из местечка в другой город и получил фамилию именно по старому месту жительства. Социально предки носителя этой фамилии, скорее всего, были мещанами или купцами — типичными жителями еврейских местечек черты оседлости, занимавшимися ремеслом, мелкой торговлей или арендой. Дворянских корней у этой фамилии нет.