Фамилия Залуженцев образована от прозвища Залуженец, которое указывало на место жительства человека. Основа здесь — слово «луг», то есть покрытая травой равнина, покос. Залуженцем называли того, кто жил за лугом, по ту сторону от него. Такие прозвища по местности — один из самых распространённых типов русских фамилий: они сразу отвечали на вопрос «откуда родом?» или «где живёшь?».

Суффикс -ец в прозвище Залуженец типичен для обозначения человека по географическому признаку (ср. «горец», «озерец», «сторожевец»). А вот конечный фамильный суффикс -ев указывает на принадлежность: Залуженцев буквально означает «сын Залуженца» или «из семьи Залуженца». Модель типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ев нередко вытесняли более архаичные формы на -ец.

Существует и альтернативная, но менее правдоподобная версия — от слова «лужа». Сторонники этой гипотезы предполагают, что Залуженцем могли назвать человека, жившего за лужей. Однако слабость этой версии в том, что по правилам русского словообразования фамилия от «лужи» звучала бы как Залужинцев (с суффиксом -ин-, а не -ев-). Таким образом, версия с лугом и покосом выглядит убедительнее и подтверждается типовыми ономастическими моделями.

Стоит заметить, что фамилия Залуженцев — редкая. Она почти не встречается в крупных исторических переписях и дворянских родословных, что говорит о её крестьянском или однодворческом происхождении. В современных справочниках её обычно относят к «географическим» фамилиям, образованным от названий урочищ (Залужье — место за лугом). В некоторых говорах «залужье» означало и вообще заливной луг, пойму, так что прозвище могло закрепиться за человеком, чьи угодья располагались именно там.