Фамилия Заменакена — редкий случай, когда при взгляде на неё сразу понимаешь, что перед тобой не типичная русская фамилия на -ов или -ин. Её звучание и структура выдают искусственное, «кабинетное» происхождение, скорее всего, из среды семинаристов или людей, получивших фамилию в учебном заведении.

Основа фамилии — глагол «заменить» или существительное «замена» с добавлением суффикса -к-, который в данном случае не уменьшительный, а скорее словообразовательный, и окончания -ена. Вся конструкция напоминает латинизированную или грецизированную форму, типичную для фамилий, которые давали в духовных семинариях в XVIII-XIX веках. Семинаристам нередко «переводили» русские прозвища на латынь или греческий, либо создавали фамилии по аналогии с иностранными. Например, фамилия Заменакена могла возникнуть как калька с греческого слова, означающего «замена», «обмен» (например, ἀλλαγή — аллаги), но с русским корнем.

Вероятнее всего, фамилию получил ученик или священник, который либо сам носил прозвище Замена (возможно, за способность подменять кого-то на службе или за склонность к обмену), либо его отец был известен как «замена» — человек, который замещал другого в какой-то должности. Суффикс -ен- и окончание -а характерны для украинских или белорусских фамилий (типа Забужко, Шевченко), но здесь они встроены в более сложную конструкцию, что опять же указывает на книжное, а не народное происхождение.

Географически фамилия крайне редкая. Единичные носители встречаются в центральной России и, возможно, на Украине, что подтверждает её происхождение из духовного сословия — такие фамилии часто «оседали» в определённых сёлах, где служил род. Других версий, например, связи с тюркскими или финно-угорскими корнями, нет — слово «замена» чисто славянское, и фамилия явно образована от него искусственно. В словарях Б. Унбегауна или В. Никонова подобная модель не описана как массовая, что делает Заменакена уникальным примером семинарского словотворчества.