Фамилия Заночкина — женская форма фамилии Заночкин, и ключ к её пониманию лежит в основе «Заночк-». Эта основа почти наверняка восходит к личному имени или прозвищу Заночка. В русской антропонимии суффикс -к- (в уменьшительно-ласкательной форме) был чрезвычайно распространён при образовании имён: Заночка могло быть вариантом имени Захар (через Захарочка, сокращённое до Заночка) или же производным от глагола «заночевать». Второй вариант ведёт к прозвищу человека, который часто оставался на ночлег в дороге, был ночным сторожем или имел привычку задерживаться дотемна.

Модель образования фамилии проста: к основе Заночк- добавился патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Заночки). Таким образом, Заночкин — это «сын Заночки», а Заночкина — «дочь» или «жена Заночкина». Фамилия не относится к числу самых частых, но встречается в центральных и северных регионах России, особенно в бывших вотчинах Новгорода и Пскова, где были сильны традиции неканонических прозвищ.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Заносов, Заночевский — показывает, что Заночкин стоит особняком из-за уменьшительного суффикса. Если Заносов могло быть образовано от «занос» (снежный или характерный), то Заночкин однозначно указывает на конкретное лицо, маленького Заночку. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова подобные модели описаны как типичные для «домашних» прозвищ, которые затем закреплялись в качестве фамилий. Споров о происхождении почти нет: версия с именем Захар и версия с глаголом «заночевать» — обе правдоподобны, но первая (от имени) чаще встречается в документах XVII–XVIII веков.

Носители фамилии Заночкина, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, чей предок был известен под ласковым прозвищем. Никаких сведений о дворянском происхождении или массовом расселении фамилии нет — это редкая, локальная фамилия, сохранившая старую словообразовательную модель.