Фамилия Запобобников звучит настолько необычно, что в первую очередь приходит мысль об ошибке или шуточном происхождении. Однако за ней стоит вполне конкретная словообразовательная модель, пусть и с редкой основой.

Разложим фамилию на части. Корень — «побоб-» или «боб-», суффикс притяжательности «-ник-» (указывающий на принадлежность к чему-либо или занятие) и типичный русский фамильный суффикс «-ов». Получается, что в основе лежит прозвище Запобобник. Приставка «за-» в русских прозвищах часто указывала на нахождение позади, за чем-то, или на отдалённость. Слово «побобник» — крайне редкое. Скорее всего, это диалектное название человека, который живёт «за бобами» — то есть за бобовым полем, за грядками бобов. В таком случае Запобобников — потомок человека, чей дом или надел находился за бобовыми посадками, что было характерно для крестьянского уклада, где каждый клочок земли имел своё название.

Вторая, менее вероятная версия, отсылает к прозвищу, данному за характер или привычку. Глагол «побобовать» в некоторых говорах мог означать «поговорить, поболтать». Тогда Запобобник — тот, кто любит поговорить «за жизнь», засиживается в беседах. Но эта гипотеза слабее, так как приставка «за-» в таком значении встречается реже и обычно связана с действием (заигра, запой), а не с предметом.

Фамилия явно поздняя, скорее всего, севернорусского или сибирского происхождения, где приставки в прозвищах были особенно распространены. В центральных губерниях такое прозвище вряд ли закрепилось бы — там предпочитали более простые формы вроде Бобов или Бобков. Запобобников — редкий случай, когда фамилия почти дословно описывает место жительства предка: «тот, кто живёт за бобами».