Фамилия Запрута — редкий случай, когда прозвище застыло в исходной форме, без типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это так называемая «нестандартная» фамилия, которая не склонялась по модели притяжательности, а сразу стала родовым именем. В основе лежит украинское или южнорусское слово «запрута» — запруда, плотина, преграда на реке. Человек, получивший такое прозвище, мог жить у запруды, строить её или, в переносном смысле, быть «преградой» — упрямым, несговорчивым человеком.

Географически фамилия тяготеет к западноукраинским и польским землям, где слово «zaprucie» (запруда) было в ходу. В русских говорах встречается редко, чаще в форме Запрутин или Запрудный. Важно не путать с фамилией Запрута: здесь не «прут» (ветка), а именно «запрута» — существительное женского рода, обозначающее действие или результат. В польском языке есть однокоренное «zapora» — плотина, что подтверждает гидротехническую версию.

Словообразовательная модель проста: основа «запрут-» и окончание -а, типичное для украинских фамилий-прозвищ (сравните: Нехода, Непийвода, Криворота). Никакого суффикса нет — фамилия образована бессуффиксным способом, что указывает на её древность и народное происхождение. В дореволюционных переписях такие фамилии чаще фиксировались у крестьян и казаков, реже — у мещан.

В ономастических справочниках фамилия нечастотна, и её носителей можно встретить в основном в Винницкой, Хмельницкой и Львовской областях Украины, а также среди потомков переселенцев в Сибири. Есть вероятность, что в отдельных случаях фамилия могла быть искусственной — например, дана семинаристом как «говорящая» фамилия, но это предположение без документальных подтверждений.