Фамилия Запруда — редкий случай, когда в основе фамилии лежит не личное имя и не ремесло, а географический объект, ставший прозвищем. Слово «запруда» означает искусственную преграду на реке, пруд или водоём, образованный плотиной. Прозвище Запруда могли дать человеку, жившему возле такой запруды или работавшему на ней — например, мельнику, плотинному мастеру или просто тому, чей дом стоял у пруда. В русских говорах слово имело и переносное значение: так могли назвать медлительного, «застоявшегося» человека, но это значение менее вероятно для фамилии.

Словообразовательная модель здесь необычна: фамилия застыла в форме чистого нарицательного существительного, без патронимических суффиксов -ов, -ин или -ский. Такие «бессуффиксные» фамилии встречаются реже и часто указывают на то, что прозвище было настолько устойчивым и узнаваемым, что не требовало дополнительного оформления. По той же модели образованы фамилии Буря, Гроза, Сорока, но Запруда отличается конкретной привязкой к месту — это скорее топонимическое прозвище, чем характеристика внешности или поведения.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где запруды были обычным элементом сельского пейзажа, особенно в зонах с небольшими речками и ручьями. Встречается она и в Беларуси — там слово «запруда» тоже бытовало. В дореволюционных списках фамилия могла фиксироваться в вариантах Запрудный, Запрудин, но форма Запруда сохранилась как более архаичная.

Ономастические справочники, в частности работы Б. Унбегауна, относят подобные фамилии к числу тех, что образованы от названий водных объектов без дополнительных суффиксов. Споров о происхождении здесь почти нет: версия с ремеслом (мельник) и версия с местом жительства (возле пруда) не противоречат друг другу, а скорее дополняют. В любом случае, предок носителя фамилии Запруда был тесно связан с водой — либо строил плотины, либо жил у них, либо владел мельницей.