Фамилия Запрудская образована от прозвища или географического названия, указывающего на место жительства предка. Основа «запруда» означает преграду на реке или ручье, созданную для удержания воды, а также сам пруд, образовавшийся в результате такой преграды. Человек мог жить за прудом, у запруды или в местности, которая так и называлась — Запрудное, Запруда. Такие названия встречаются в разных регионах, от Беларуси и Украины до центральной России, поэтому фамилия Запрудская не привязана к одной области.

Словообразовательная модель типична для фамилий на -ский/-цкий: суффикс указывал на принадлежность к месту или роду занятий. В данном случае он присоединился к основе «Запруд-», и возникла фамилия, которая первоначально отвечала на вопрос «откуда родом?». В женском роде окончание -ая закрепилось в русской традиции, хотя в польском или украинском варианте могло бы звучать как Запрудска.

Есть и другая, менее распространённая версия: прозвище Запрудский мог получить человек, который строил или обслуживал запруды — мельник, плотинщик. Однако в большинстве ономастических работ (например, у Б. Унбегауна) фамилии с корнем «запруд-» относят к топонимическим, то есть образованным от названия места жительства. Споров между версиями нет: первая — основная, вторая — возможная, но редкая.

Фамилия Запрудская встречается в разных социальных слоях: среди крестьян, живших у водоёмов, и среди мещан, переселившихся из села Запрудное в город. В документах XIX века носители фамилии фиксируются в губерниях Черниговской, Могилёвской, а также в Сибири, куда переселенцы принесли с собой названия родных мест.