Фамилия Запрудин образована от прозвища или нецерковного имени Запруда. Основа здесь — не глагол «запрудить» в значении «перегородить реку», а существительное «запруда» — место, где вода задерживается, заводь или пруд. В говорах так могли называть не только плотину, но и омут, глубокое место в реке. Человек, живший у такой запруды или следивший за ней, легко получал соответствующее прозвище.

Фамилия относится к типичной для центральной России модели на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Запрудин, то есть сын или потомок Запруды. Такая модель чаще встречается в северных и поволжских областях, а также в Сибири, куда переселенцы приносили свои прозвища. В южных и западных регионах чаще ожидалась бы форма Запруденко или Запрудский.

Интересно, что фамилия Запрудин не слишком распространена, но имеет несколько однокоренных вариантов — Запрудов, Запрудский. Встречается она в основном в бывших владимирских и костромских землях, где много малых рек и ручьёв, и где запруды были частью хозяйственного уклада. Предки Запрудиных могли быть крестьянами, мельниками или рыбаками — людьми, чья жизнь была тесно связана с водой и её удержанием.

В дореволюционных переписях эта фамилия почти не попадает в списки дворянства или купечества, что подтверждает её крестьянское происхождение. Никакой альтернативной версии — от имени Пруд или от польского zapruda — всерьёз рассматривать не стоит: в русском языке корень «пруд» имеет ударение на у, а в фамилии оно стоит на а, что указывает именно на глагольную основу «запруда».