Фамилия Запруднев — редкий случай, когда географическая основа почти наверняка перевешивает прозвищную. В её центре — слово «запруда», то есть искусственная преграда на реке, пруд, образованный плотиной. Суффикс -ев указывает на принадлежность: буквально «сын того, кто живёт у запруды» или «сын Запруда». Но в отличие от фамилий вроде Запрудских, где -ск- прямо отсылает к названию села (Запрудье, Запрудное), Запруднев выглядит как патроним от прозвища Запрудный или Запруд.

Прозвище Запрудный мог получить человек, живший возле запруды, мельник при плотине или тот, кто её строил и обслуживал. В центральной России и на севере, где запруды ставили для водяных мельниц, такая привязка к месту работы или жительства была обычной. Менее вероятная, но возможная версия — прозвище по характеру: «запрудой» в переносном смысле называли человека, который «перегораживает» путь, мешает, стоит на дороге.

С точки зрения словообразования фамилия интересна суффиксом -ев при твёрдой основе на -д. По правилам, если основа оканчивается на твёрдый согласный (кроме шипящих и ц), добавляется -ов. Но здесь основа «Запруд» — и всё равно -ев. Это не ошибка: в русских говорах и в старых документах колебания -ов/-ев встречались, особенно если основа была мягкой в произношении (Запрудной → Запруднев). Такая форма могла закрепиться в конкретном регионе, например в костромских или вятских говорах, где -ев после твёрдых согласных — не редкость.

Фамилия не относится к числу распространённых. Встречается преимущественно в центральных областях России, единично — на Урале. Сословно её носители, скорее всего, были крестьянами или мелкими ремесленниками: мельниками, плотинными мастерами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Однокоренные фамилии — Запрудский, Запруднов — встречаются чаще. Запруднов, кстати, образован по той же модели, но с суффиксом -ов, что подтверждает вариантность написания. Если ваш предок носил фамилию Запруднев, он почти наверняка жил у воды, у плотины — или его прозвали по такой характерной примете.