Фамилия Запрудников образована от прозвища или географического названия, а её основа — слово «запрудник», то есть человек, живущий за прудом или у запруды. В русских говорах запрудой называли искусственную плотину или сам пруд, устроенный для хозяйственных нужд. Таким образом, прозвище Запрудник получал тот, чей дом стоял по ту сторону пруда, либо тот, кто строил и обслуживал запруды — своего рода гидротехник в крестьянском быту. Возможен и вариант, что прозвище дали человеку, чья земля находилась за прудом, что было удобным ориентиром в сельской местности.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ник указывает на лицо по месту или занятию, а затем к основе добавили патронимический суффикс -ов, превратив прозвище в фамилию. Фамилии на -ов типичны для центральной России, и Запрудников не исключение — её корни скорее всего в регионах с развитым прудовым хозяйством, например, в Тверской, Московской или Ярославской губерниях, где пруды использовали для разведения рыбы и водопоя скота.

В отличие от более частых фамилий вроде Запрудский или Запрудин, которые могут указывать на выходцев из села Запрудье, Запрудников подчёркивает именно личное прозвище, а не топоним. Встречается эта фамилия редко, что говорит о локальном происхождении: возможно, она закрепилась в одном-двух уездах, а затем разошлась с переселенцами. Ономастических споров вокруг неё нет — значение прозрачное, и лишь в редких случаях можно предположить связь с диалектным словом «запрудный» (закрытый, недоступный), но это менее вероятно.

Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были крестьянами или ремесленниками, жившими у воды, и их дом служил ориентиром для соседей. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён, Запрудников сохранил бытовую, почти топографическую память о месте, где стояла изба.