Фамилия Запруднова образована от прозвища Запрудный. В его основе лежит существительное «пруд» и приставка «за-». Прозвище закреплялось за человеком, который жил за прудом — то есть по ту сторону водоема, отдельно от основного поселения. Такие топонимические прозвища были распространены в русских деревнях: они указывали не на род занятий, а на место жительства, и часто переходили в фамилии без изменений.

Суффикс -ов в фамилии Запруднова указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Запруднов — сын Запрудного. Женская форма Запруднова возникла естественным путём как вариант для замужних женщин и дочерей. Фамилия довольно редкая, её географическое ядро — центральные и северные области России, где пруды были типичным элементом сельского ландшафта.

Интересно, что в отличие от фамилий, образованных от названий рек или озёр (например, Заозёрский, Зарецкий), Запруднова отсылает именно к искусственному или небольшому естественному водоёму. Это сужает круг возможных прозвищ: запрудным могли назвать не просто живущего у воды, а того, чей дом находился за плотиной или запрудой. В некоторых говорах слово «запруда» означало и саму плотину, так что прозвище могло достаться и мельнику, работавшему у запруды. Однако эта версия менее вероятна: прозвища по месту жительства в русской ономастике встречаются гораздо чаще, чем профессиональные, особенно для фамилий на -ов.