Фамилия Запрудина — женская форма, мужской вариант — Запрудин. В её основе лежит слово «запруда» — искусственная преграда на реке, плотина. Происхождение фамилии связано с географическим объектом: предок человека с такой фамилией мог жить у запруды или за ней. В русских говорах «запрудой» называли также место за прудом или участок земли, который затапливало водой. Таким образом, фамилия образована от прозвища по месту жительства, что типично для восточнославянских фамилий.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Запрудин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Запруда. Такая модель характерна для фамилий, образованных от существительных женского рода (ср. Березин, Калинин). Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Запру́дина, хотя в некоторых говорах возможно смещение на первый.

Фамилия редкая и не встречается в массовых списках дворянских родов. Скорее всего, она крестьянского происхождения: предки могли быть мельниками, строителями плотин или просто жителями деревни у запруды. В документах XVII–XVIII веков фамилия фиксируется в центральных и северных губерниях России — например, в Вологодской и Костромской областях, где запруды на реках были обычным элементом хозяйства.

Интересно, что у фамилии есть однокоренные варианты — Запрудский, Запруднов, Запрудников. Они различаются суффиксами и указывают на разные диалектные особенности: -ский привязывал к местности, -ов и -ин — к личному прозвищу. Запрудина стоит особняком: её основа не столько профессия, сколько топографическая примета. В современной России фамилия встречается точечно, в основном в Центральном и Северо-Западном федеральных округах.