Фамилия Запутряев — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а диалектный глагол с яркой экспрессивной окраской. Если отбросить суффикс -ев (указывающий на принадлежность: «чей?» — Запутряев, то есть сын Запутряя), остаётся прозвище Запутряй. Его корень — глагол «путрять» или «запутрять», который в русских говорах означал «путать, мешать, делать неразбериху». В некоторых областях слово «путря» (или «путра») имело значение «каша, месиво», откуда и пошло переносное — «путаник, нерасторопный человек».

Таким образом, Запутряем в XVI–XVII веках могли прозвать либо того, кто вечно всё путал, сбивал с толку, либо, что менее вероятно, человека, занимавшегося приготовлением «путри» — жидкой каши или похлёбки. Прозвища с корнем -путр- фиксируются в старых актах: например, в писцовых книгах встречается фамилия Путря, а в новгородских берестяных грамотах — личное имя Путрята, что доказывает древность этой основы.

Суффикс -яй в прозвищах (ср. Задавай, Гуляй, Ломай) типичен для северорусской и сибирской традиции: он образовывал имена-характеристики по действию. Географически фамилия Запутряев тяготеет к Вологодской, Архангельской областям и Пермскому краю — именно там бытовали говоры со словом «путрять». В центральных регионах России фамилия практически не встречается.

Ошибочно связывать Запутряева с «запутриванием» в значении «запорошить глаза» — это более позднее жаргонное значение. Основная версия остаётся прозрачной: предок нёс прозвище за неаккуратность или запутанность дел, а фамилия закрепилась в крестьянской среде Русского Севера. Правописание с двумя «т» (Запутряев, а не Запутряев) — вариант, который иногда возникает из-за народной этимологии, но в документах преобладает именно исходная форма с одной «т».