Фамилия Запутляева — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, бытовое прозвище, связанное с запутанной ситуацией или нерадивостью. Её ядро — глагол «запутать» или прилагательное «запутлявый» (то есть склонный путать, сбиваться, делать неаккуратно). В народных говорах «запутля» или «запутляй» могли называть человека, который вечно всё перепутывал, терял нить разговора или создавал неразбериху в делах. Это не оскорбление, а скорее меткая характеристика, закрепленная за родом.

Словообразовательная модель проста и прозрачна. Основа «Запутля-» (от «запутлять» — вариант «запутывать») плюс суффикс -ев-, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Запутляев. Женская форма Запутляева — это исходная форма для женщины или дочери. В отличие от фамилий на -ин или -ов, суффикс -ев здесь типичен для основ, оканчивающихся на мягкий согласный или -й (ср. Запутляй — Запутляев). Это указывает на то, что прозвище было образовано от глагольной формы, а не от имени.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где диалектное слово «запутлявый» встречалось чаще. Встречается она в Тверской, Ярославской и Вологодской областях, но в целом остаётся очень редкой. В дореволюционных метрических книгах можно найти единичные записи, что говорит о её локальном бытовании — скорее всего, родоначальник был крестьянином или ремесленником, получившим прозвище по заметной черте характера или поведению.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь со словом «путло» (верёвка, путы). В этом случае «запутля» — человек, который вяжет путы или, наоборот, путает скотину. Но эта гипотеза слабее, так как в русской ономастике более распространены прозвища, отражающие поведение, а не инструмент. К тому же фамилии с корнем «путл-» (Путляев, Путлов) обычно происходят от «путать», а не от «путло».

Фамилия Запутляева не имеет отношения ни к каким дворянским родам и не связана с географическими названиями. Это чисто народное, бытовое прозвище, которое со временем закрепилось как фамилия. Носитель такой фамилии может с уверенностью сказать, что его предок был человеком, которого в деревне знали как «Запутляя» — возможно, рассеянного, но запоминающегося.