Фамилия Запутляев — редкий случай, когда корень слова почти полностью стёрт, и его значение приходится восстанавливать по крупицам. В отличие от большинства русских фамилий на -ев, образованных от очевидных имён (Иван → Иванов) или профессий (Кузнец → Кузнецов), основа «Запутля» не встречается ни в современных словарях, ни в древних актах. Это говорит о том, что прозвище, лёгшее в основу фамилии, было либо узко местным, диалектным, либо искажённым до неузнаваемости.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного) указывает на принадлежность — «сын Запутли» или «из семьи Запутляевых». Само прозвище «Запутля» скорее всего образовано от глагола «путлять» — путать, сбивать с толку, делать беспорядочным. В русских говорах «запутлять» означало запутывать следы, сбивать с пути, а также говорить путано, невнятно. Человек с таким прозвищем мог быть хитрым, изворотливым, либо, наоборот, неразборчивым в делах или речи.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых южнорусских и украинских говорах «путля» — это петля, силок для ловли птиц или зверей. «Запутля» могло означать того, кто ставит силки, то есть охотника-промысловика. Однако эта версия слабее: приставка «за-» в таком значении обычно образует глаголы (запутлять — затягивать петлю), а не названия людей.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, но встречается редко. В дореволюционных переписях Запутляевы фиксировались в Тамбовской и Рязанской губерниях — регионах, где активно бытовали диалектные слова с корнем «путл-». Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, так как фамилия не имеет дворянских суффиксов (-ский/-цкий) и не встречается в родословных книгах.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Путляев, Путилин, Запутин — показывает, что основа «путл» почти исчезла из активного языка. Если «Путилин» ещё понятен (от «путь»), то «Запутляев» остался в тени. Это типичная «тёмная» фамилия, значение которой угадывается только через диалектологию и контекст эпохи.