Фамилия Заяфарова — редкий пример русской фамилии, образованной от полного арабского имени, а не от прозвища или профессии. Её основа — мужское имя Заяфар (в более точной транскрипции — Зияфар или Зияфар). Это сложное имя восходит к арабским корням «зия» (свет, сияние) и «фарр» (радость, украшение), то есть в целом его можно перевести как «сияющая радость» или «светлое украшение». Такие имена были распространены в среде мусульманских народов Поволжья и Приуралья, особенно у татар и башкир.

Суффикс «-ова» указывает на принадлежность: Заяфарова означает «дочь (или жена) Заяфара». В русской традиции фамилии на «-ов» и «-ев» закрепились за женщинами как форма от мужской фамилии Заяфаров. Таким образом, носительница фамилии Заяфарова — потомок человека по имени Заяфар, и её предки, скорее всего, были татарами или башкирами, принявшими русскую модель фамилии в XIX–XX веках.

В отличие от многих фамилий, где основа — часто встречающееся имя (например, Иванов), имя Заяфар довольно редкое. Это делает фамилию локальной: её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких соседних сёл на территории современного Татарстана или Башкортостана. В документах XIX века такие фамилии могли записывать по-разному: Зияфаров, Заяпаров — из-за особенностей произношения в местных говорах. Вариант с «я» (Заяфар) закрепился в русской письменности как наиболее близкий к звучанию.

По сословной принадлежности предки Заяфаровых, скорее всего, были государственными крестьянами или тептярями — особым сословием, сочетавшим черты крестьян и служилых людей. Встречается фамилия и у башкир-вотчинников. Точных данных о знаменитых носителях фамилии в открытых источниках нет, что только подтверждает её локальный и редкий характер: Заяфарова — фамилия, которая хранит память о конкретном человеке из небольшой общины, а не о массовом прозвище.