Фамилия Заяфаров — тюркского происхождения, и её разумнее всего рассматривать в контексте татарских и башкирских фамилий, распространённых в Волго-Уральском регионе. Основа — мужское имя Заяфар, которое восходит к арабскому «Зафар» (ظفر) — «победа», «успех», «торжество». Приставка «За-» в данном случае не является русским предлогом, а входит в состав имени: Заяфар — это вариант передачи арабского «Зафар» через тюркское произношение, где появляется протетический гласный звук для удобства произношения в тюркской речи.

Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилий, которая была заимствована тюркскими народами после вхождения в состав Российского государства. В татарской среде фамилии на -ов стали массово фиксироваться в XIX веке, особенно после ревизий и переписей. Таким образом, Заяфаров буквально означает «сын Заяфара», «принадлежащий к роду Заяфара».

Интересная деталь: в татарском языке имя Зафар встречается часто, а форма Заяфар — более редкая, возможно, диалектная или архаичная. Это может указывать на то, что фамилия сохранила старую произносительную норму, которая впоследствии уступила место более короткому варианту. Сравните с однокоренными фамилиями: Зафаров (более распространённая) и Заяфаров (с дополнительным слогом). Если Зафаровы встречаются и у татар, и у башкир, то Заяфаровы, скорее всего, локализованы в конкретном регионе — например, в западном Башкортостане или на юго-востоке Татарстана, где в говорах сохранялась эта особенность.

По сословной принадлежности предки Заяфаровых, вероятно, были крестьянами или тептярами — так называли в XVIII–XIX веках часть нерусского населения Приуралья, не входившего в состав служилых татар и не приписанного к дворянству. Точных данных о дворянских корнях этой фамилии нет, что типично для массовых крестьянских фамилий тюркского происхождения.