Фамилия Зайкенова образована от мужской формы Зайкенов, а та, в свою очередь, — от личного имени или прозвища Зайкен. Это типичная модель для тюркских фамилий, особенно распространённых у казахов, татар, башкир и народов Средней Азии. Суффикс -ов/-ев здесь — русское патронимическое окончание, которое добавили при оформлении фамилий в XIX–XX веках, когда тюркские родовые имена адаптировали к русской делопроизводственной традиции.

Основа Зайкен — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательная форма от тюркского имени Зайк (или Зайка). Имя Зайк, в свою очередь, восходит к арабскому «Зайд» (زيد), что означает «прибавление», «изобилие», «дар». В тюркской среде имя переосмыслили и сократили, добавив ласкательный аффикс -кен (как в именах Айкен, Кенжебай). Таким образом, Зайкен — это «маленький Зайк» или «Зайк, которого ласково называют». Никакого отношения к русскому слову «зайка» (заяц) фамилия не имеет — это случайное звуковое совпадение.

Географически фамилия Зайкенова встречается преимущественно в Казахстане и среди казахской диаспоры, реже — у татар и башкир. Встречаются варианты написания: Зайкенов, Зайкен, Зайкеновна (женская форма). В России фамилия редкая, сосредоточена в основном в Оренбургской, Астраханской областях и в Алтайском крае — регионах с исторически сильным тюркским населением.

Социальный контекст: предки носителей фамилии были, вероятно, кочевниками-скотоводами или крестьянами, поскольку в тюркской среде патронимические фамилии на -ов/-ев получали в основном простые сословия, а не знать (у аристократии чаще встречались фамилии на -улы/-кызы). Но точных сведений о сословной принадлежности Зайкеновых нет — фамилия не упоминается в дореволюционных дворянских родословных книгах.

Единственная особенность, которая отличает эту фамилию от десятков похожих: в ней сохранился редкий тюркский уменьшительный суффикс -кен, который в современном казахском языке почти вытеснен формами на -шa/-ше. Это указывает на довольно старую фиксацию прозвища — возможно, ещё в XVIII — начале XIX века.