Фамилия Зданекина — женская форма, а мужской вариант, Зданекин, образован по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Зданекин буквально значит «сын (или потомок) Зданека». В основе лежит прозвище или неканоническое имя Зданек.

Корень здесь — глагол «здать», который в диалектах и старой речи означал не только «передать во владение», но и «сложить, построить, соорудить» (ср. «издать дом»). Однако гораздо более вероятно, что прозвище Зданек относилось к человеку, который «сдавал» что-либо внаём или, наоборот, принимал сданное — например, арендатор, съёмщик жилья, либо сборщик оброка. В псковских и новгородских говорах «зданек» могло звучать как «сданек» — тот, кто сдаёт землю или двор в аренду. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть либо зажиточным крестьянином, сдающим излишки, либо управляющим, принимающим подати.

Суффикс -ек в основе (Здан-ек) — уменьшительно-ласкательный или прозвищный, характерный для севернорусских и западнорусских говоров. Фамилия Зданекин встречается в основном в центральных и северных областях России, но не относится к числу массовых. Её редкая огласовка (с «з» вместо «с») может указывать на древнюю диалектную черту — цоканье или особое произношение, когда приставка «с-» перед звонким звуком переходила в «з-» (как в слове «зделать» вместо «сделать» в старых текстах).

Однокоренные фамилии — Зданов, Зданович (более характерны для западнорусских и белорусских земель), а также Сданекин (с «с» в начале). Если сравнивать, то форма Зданекин — более архаичная и узко-региональная, что делает её особенно интересной для историков языка. Сословной привязки у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство, но в дворянских родословных книгах она не фиксируется.