Фамилия Зебели — редкая и нестандартная для русского уха. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые обычно «пришивают» прозвище к роду. Перед нами, скорее всего, фамилия, застывшая в форме исходного слова, а не переделанная по русской модели.

Самое вероятное объяснение — географическое. Зебели — это название нескольких небольших поселений в Германии, например, Зебели (Sebeli) в земле Саксония-Анхальт. По такой модели (по названию места, без добавления суффикса) часто образовывали фамилии выходцы из немецких земель. Предок носителя фамилии мог быть переселенцем, которого в документах записали «из Зебели», и прозвище закрепилось за потомками. В пользу этого говорит и окончание -и, характерное для немецких топонимических фамилий (ср. Гёттинген — Гёттингенский, но в русской передаче часто опускают суффикс).

Вторая версия, менее распространённая, но возможная, выводит фамилию из тюркских языков. В некоторых тюркских диалектах «зебел» или близкое слово могло означать «корзина», «плетёнка» или «мелкий, хилый». Однако эта гипотеза слабее: во-первых, нет устойчивой лексической параллели, во-вторых, фамилия с таким окончанием (-ли, а не -лы) встречается в основном у народов Северного Кавказа и Поволжья, но там она обычно пишется как Зебелев или Зебелов, то есть русифицируется.

Поскольку фамилия не получила русского суффикса, её носители, скорее всего, не были крепостными крестьянами центральной России (там фамилии массово «окали» и «екали» по шаблону). Зебели — это фамилия, которая могла закрепиться у обрусевших немцев, прибалтийских шведов или у представителей западных губерний, куда приглашали колонистов. Встретить её можно редко, в основном в документах XIX — начала XX века среди мещан или купцов, которые вели торговлю или ремесло.

Однозначного ответа, откуда пошла фамилия, нет, потому что корень неочевиден, а суффикс — нетипичный. Но если выбирать, то первая версия — от названия немецкого поселения — выглядит логичнее и проще: человек переехал, и его стали звать по месту прежнего жительства.