Фамилия Зебелис — редкий пример балтийского наследия в русском ономастиконе. Скорее всего, её основа — литовское прозвище Žebelys, что значит «шишка». Такое прозвище могли дать человеку с заметной внешней особенностью (например, шишкой на теле) либо — в переносном смысле — тому, кого считали важным, сильным, обладающим властным характером. В литовской традиции прозвища нередко переходили в фамилии без изменений, через суффиксацию или напрямую, как в этом случае.

Менее убедительная версия ведёт фамилию к немецкому имени Zebell, которое связывают с верхненемецким zobel — «мех». Тогда прозвище могло указывать на род занятий: предок мог быть скорняком или торговцем мехами. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, фамилия Зебелис имеет характерный литовский суффикс -elis (уменьшительно-ласкательный или патронимический), а во-вторых, в списках немецких фамилий форма Zebell встречается редко и без балтийского окончания. Скорее всего, немецкое влияние здесь вторично или случайно.

Сама фамилия образована по продуктивной для литовской антропонимии модели: основа + суффикс -elis. Такие фамилии часто означали «сын такого-то» или «маленький, молодой носитель признака». То есть Зебелис — это буквально «маленький шишкарь» или «потомок Шишки». В русской среде фамилия могла закрепиться в разных вариантах написания: через «з» или «ж» (Жебелис), с ударением на первый или второй слог, в зависимости от региона.

Географически фамилия Зебелис встречается в основном на северо-западе России: в Псковской, Ленинградской областях, а также в Литве и Латвии. Это типичный ареал литовско-русского пограничья, где веками смешивались языки и традиции именования. Сословно носители такой фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами — дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано.

Если говорить о словообразовательной параллели, то в русском языке есть похожие фамилии от прозвищ с тем же корнем: Шишкин, Шишков. Но Зебелис стоит особняком — он сохранил балтийскую огласовку и суффикс, что делает его ценным свидетельством миграций и культурного обмена.