Фамилия Зедгенидзева — редкий пример того, как грузинская основа получила русский суффикс. В её основе лежит грузинская фамилия Зедгенидзе, которая образована от прозвища или имени Зедгения. В грузинском языке «зед» означает «верх», «высший», а суффикс -идзе указывает на происхождение — «сын того-то». Таким образом, Зедгенидзе — «сын Зедгения», а Зедгения — человек, живший в верхней части села, на возвышенности, или же обладавший каким-то «верхним» положением. В Грузии фамилии на -идзе особенно распространены в восточных регионах, например, в Кахетии или Картли.

Когда носитель такой фамилии оказывался в русскоязычной среде, её адаптировали по русской модели. Окончание -а в форме Зедгенидзева — это типичный русский способ обозначения женской фамилии, но в данном случае оно закрепилось и за мужчинами. Это говорит о том, что фамилию записывали уже в российских документах, скорее всего, в XIX — начале XX века, когда многие грузины переселялись в центральные губернии или на Кавказскую линию. Мужская форма — Зедгенидзев, но вариант с -а на конце встречается как застывшая форма по аналогии с фамилиями вроде Дурново или Благово.

Интересно, что фамилия не получила распространения в самой Грузии — там остались только Зедгенидзе. Русский суффикс -ев добавили, чтобы вписать фамилию в привычную для метрических книг систему: «Зедгенидзев» звучало как отчество-фамилия. Это нередкий случай для грузинских родов, которые обрусели ещё в дореволюционное время. Предки носителей фамилии, вероятно, были выходцами из грузинского дворянства или духовенства — именно эти сословия чаще всего контактировали с русской администрацией и первыми меняли окончания фамилий.

Точных данных о числе носителей фамилии Зедгенидзева нет, но она крайне редка. Встречается в основном на юге России и в Закавказье, единичные записи есть в Краснодарском крае и Ростовской области.