Фамилия Зеков — один из тех редких случаев, где современное значение слова полностью вытеснило в сознании носителей его исторический смысл. Сегодня «зек» — это просторечное, почти жаргонное обозначение заключённого, вошедшее в язык в советскую эпоху (сокращение от «заключённый каналоармеец»). Но фамилия Зеков возникла задолго до появления ГУЛАГа, и её корни лежат в совсем другой среде.

Основа фамилии — древнерусское нецерковное имя или прозвище Зек. В старину так могли называть человека, который постоянно «зекал», то есть издавал резкий, отрывистый звук, похожий на икоту или всхлип, — возможно, из-за привычки или физической особенности. В некоторых говорах «зек» означало крикливого, беспокойного ребёнка. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Зеков — это «сын Зека». Таким образом, первый носитель фамилии был потомком человека, носившего прозвище Зек.

Существует и вторая, менее очевидная версия. В южнорусских и украинских говорах «зек» могло быть вариантом слова «зик» — так называли ткацкий челнок или деталь ткацкого станка. В этом случае прозвище Зек мог получить ткач, либо мастер, делавший эти детали. Фамилия Зеков тогда встаёт в один ряд с профессиональными фамилиями вроде Ткачёв или Станков, но с более узкой, локальной специализацией.

Географически фамилия встречается редко и не имеет ярко выраженного «гнезда» — она рассеяна по разным регионам России, что типично для прозвищ, а не для фамилий, образованных от массовых крестильных имён. Написание с буквой «з» в корне сохранилось без изменений, в отличие от некоторых родственных фамилий (например, Зиков, где корень мог быть тем же, но с иной диалектной огласовкой). Стоит заметить, что в дореволюционных метрических книгах фамилия Зеков встречается, что окончательно отсекает её связь с советским лагерным жаргоном — она старше этой лексики минимум на два-три столетия.