Фамилия Зекин — яркий пример того, как короткое прозвище превратилось в фамилию, сохранив свой первоначальный, почти грубоватый оттенок. В основе лежит слово «зека» или «зёка» — в старых русских говорах так называли крикуна, горлопана или задиру. Образовано это прозвище от глагола «зекнуть» (крикнуть, рявкнуть) или звукоподражательного «зя» — резкого окрика, которым в деревне останавливали лошадь или прогоняли скотину. Человек с таким прозвищем, скорее всего, обладал громким голосом и несговорчивым нравом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Зекин — это «сын Зеки». Модель чисто русская, патронимическая, характерная для северных и центральных областей России. В отличие от фамилий на -ов, которые часто образовывались от полных христианских имён, Зекин произошёл от прозвища, что говорит о нецерковном, бытовом происхождении родоначальника.

Есть и вторая, менее распространённая версия, связывающая фамилию с диалектным словом «зекать» — то есть зевать, глазеть по сторонам. В этом случае Зекой могли назвать рассеянного или любопытного человека. Но первая трактовка — от слова «крикун» — более убедительна, так как в ономастике закрепилось именно значение, связанное с громким голосом, а не с зевотой.

Фамилия довольно редкая, не входит в сотни самых распространённых. Встречается в основном в Поволжье, на Урале и в Сибири, куда переселенцы из центральной России принесли свои прозвища. Встречается вариант написания через «ё» — Зёкин, что лишь подчёркивает диалектное произношение исходного слова. В дворянские родословные книги Зекины не попали — это фамилия крестьянская или мещанская, что подтверждается архивными записями XVIII–XIX веков.