Фамилия Заекин, вероятнее всего, является фонетическим вариантом распространенной славянской фамилии Зайкин, которая образована от именования Зайка. Имена, образованные от названия животного «заяц» были широко распространены у славян. Это объясняется тем, что это животное символизировало здоровье и плодовитость. Возможно, возникновение имени Зайка связано с явлением тотемизма.