Фамилия Зелипупенко — яркий пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в украинской ономастике означает «сын» или «потомок» (аналогично русским -ов/-ев, -ин). Таким образом, Зелипупенко — это «сын Зелипупы».

Основа фамилии — прозвище Зелипупа. Оно составное и происходит от украинских слов «зелі» (зелье, трава) и «пуп» (пупок, пуповина). В народной речи «зелипуп» могло быть шуточным или ироничным прозвищем для невысокого, коренастого человека, либо для того, кто занимался травами, знахарством, сбором зелени. Вторая версия, менее вероятная, связывает первую часть с диалектным «зелізний» (железный), тогда прозвище могло означать «человек с железным пупом» — крепкий, выносливый. Однако первая трактовка (от «зелья») более органична для украинской народной лексики.

Фамилия Зелипупенко имеет ярко выраженную региональную привязку к Центральной и Восточной Украине, особенно к Полтавщине, Черкащине и Киевщине. Именно на этих территориях модель фамилий на -енко получила наибольшее распространение в XVII–XVIII веках, когда казацкая старшина и крестьяне массово обзаводились наследственными фамилиями.

В отличие от многих фамилий, которые со временем «облагородились» и потеряли связь с исходным прозвищем, Зелипупенко сохранило свою разговорную, почти сказочную основу. Прозвище Зелипупа могло закрепиться за человеком, которого в селе знали как знахаря или просто забавного малорослого мужичка. В любом случае, фамилия не имеет отношения к дворянским родам или церковной среде — это стопроцентный маркер крестьянского или казацкого происхождения.

Встречаются также вариации написания: Зелепупенко (через «е» в первом слоге) и Зелипупченко (с усечением основы). Первый вариант может указывать на адаптацию фамилии в русскоязычной среде, где «зеле» звучит привычнее «зелі». Однако исходная форма — именно через «и», как в украинском «зелі».