Фамилия Зеньченко — один из примеров, когда географический акцент помогает точнее понять происхождение. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в великорусских землях, суффикс -енко характерен для украинской и южнорусской ономастики. Он указывает на то, что предок носителя фамилии был родом с территории современной Украины или южных областей России, где эта модель была особенно распространена в XVII–XVIII веках.

Основа фамилии — «Зень» или «Зеня». Это не полное имя, а, скорее всего, производная форма от крестильного имени. Чаще всего за ней стоит имя Зиновий (от греческого «Зенобиос» — «живущий по-божески»). В народной речи Зиновий превращался в Зеню, Зенюху, Зеня. Зень — тот же корень, только с характерной для украинского смягчённой «з». Фамилия буквально означает «потомок того, кого называли Зеней» или «сын Зени».

Есть и вторая, менее очевидная версия. В южнорусских говорах «зень» могло означать «земля» (от общеславянского «земь»). Прозвище Зень могли дать человеку, который был приземистым, коренастым, либо же тому, кто работал с землёй — земледельцу. Однако эта версия уступает первой по вероятности: большинство фамилий на -енко образовано от личных имён, а не от нарицательных слов.

С точки зрения сословной принадлежности, Зеньченко — фамилия, которая не была исключительно дворянской или крестьянской. В реестрах запорожских казаков и в метрических книгах Полтавской, Черниговской, Харьковской губерний люди с такой фамилией встречаются и среди казаков, и среди мещан. Это говорит о том, что предки носителей фамилии были свободными людьми, а не крепостными, что характерно для многих украинских фамилий.

Таким образом, Зеньченко — фамилия, которая напрямую отсылает к имени предка, Зиновия, и к региону её возникновения — украинскому Левобережью. Она несёт в себе следы народного произношения и типичной для этих мест модели фамилеобразования.