Фамилия Зеночкин — редкий случай, когда в основе лежит не усечённое имя, а полная разговорная форма. В большинстве фамилий на -ин мы видим корень от Зени, Зени, Зиновия: Зенин, Зиновьев. Но здесь другой суффиксальный ход: Зеночка — это ласкательное обращение к человеку по имени Зиновий. Уменьшительная модель с -очк- в русском языке давала двойной суффикс: основа Зин- → Зиночка, но в говорах, где «е» заменяло «и» под ударением, появилось Зеночка. Фамилия закрепила именно этот вариант.

Словообразовательная цепочка простая: Зиновий → разговорное Зеня → уменьшительное Зеночка → Зеночкин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Зеночкин, то есть сын или потомок Зеночки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от женских прозвищ или ласкательных имён, но здесь прозвище могло относиться и к мужчине: в крестьянской среде взрослого Зиновия запросто звали Зеночкой, и это не считалось унизительным.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и среднерусским говорам, где «е» вместо «и» в безударной позиции — обычное явление. Встречается в Тульской, Рязанской, Воронежской областях, но крайне редко. В переписях XIX века Зеночкины фиксировались как однодворцы и государственные крестьяне, то есть не были ни дворянами, ни крепостными. Это указывает на происхождение из служилых людей по прибору, которые после реформ Петра I перешли в разряд лично свободных земледельцев.

Спорных версий у фамилии почти нет. Иногда её пытаются возвести к греческому «зенон» (Зенон) или к диалектному «зенок» (глаз, зрачок), но это натяжки: суффикс -очк- в русских прозвищах от названий частей тела не встречается, а имя Зиновий даёт естественное объяснение без притягивания за уши. Фамилия Зеночкин — не про глаз или философа, а про обычного человека, которого в детстве или по-свойски называли Зеночкой.